早在2001年，浙江的南浔、乌镇、西塘，和江苏的周庄、同里和甪直(音L一道，就提出了联手申报世界文化遗产。同一年，这6大古镇被列入了《中国世界文化遗产预备清单》。
随着时间的推移，加入联合申报的古镇名录越来越多，直到今年3月26日，国家文物局在昆山召开的“江南水乡古镇”项目联合申遗工作推进会，同意由江浙两地的13个古镇一起申遗。
这13个古镇分别是浙江的乌镇、西塘、南浔、新市，和江苏的甪直、周庄、千灯、锦溪、沙溪、同里、黎里、震泽、凤凰。根据南京大学文化与自然遗产研究所在联合申遗申报文本中提到的，这13个古镇，既有“小桥、流水、人家”的空间布局，又有“粉墙黛瓦、廊街岸柳、深巷老宅”的建筑风格，文化传统也保留了当年“业商贾、咏诗书、尚民俗”的特色。
根据工作方案，2016年底前，各个古镇将完成“江南水乡古镇”申遗的各项准备工作，包括申遗文本编制、保护规划制定、遗产区和缓冲区划定、相关法规制度建设、遗产保护展示、遗产监测、古镇区重点文物建筑修缮和环境整治等。2017年初，申遗文本将正式上报国家文物局，尽早把“江南水乡古镇”项目提交到世界遗产中心审议，并力争在“十三五”期内完成申遗。
其实，江南六大古镇联合申报世界遗产，最早可以追溯到1982年，当时同济大学建筑与城市规划学院教授、国家历史文化名城保护研究中心主任阮仪三先生带领的师生，开始对江南六个水乡古镇如何保护进行研究。1998年，联合国遗产中心亚太区主任明嘉扬女士建议周庄、同里、甪直、乌镇、南浔、西塘联合申遗，最终以“江南水乡古镇”的名义申报。2001年4月，江南六大水乡古镇被列入《世界遗产预备清单》，同时在浙江乌镇举行了《江南水乡古镇》特种邮票首发式。当年10月，APEC会议在周庄开了半天的会，这也让全世界见识了江南水乡古镇风情。11月，江浙两省正式将申遗文本上报国家建设部。
